Секторске групе окупљају ЕЕН партнере који желе да удруже снаге и пруже циљане услуге предузећима у датом сектору, те играју значајну улогу у квалитету и успјешности рада Мреже у цјелини. ЕЕН партнери се укључују у рад секторских група у складу са значајем датих сектора за регију из које долазе. Секторске групе комбинују међународну пословну експертизу са познавањем локалног тришта, како би подршка била прилагођена потребама предузећа.

Главни задатак свих 17 секторских група је да спајају понуду и потражњу, односно предузећа из различитих земаља, која дјелују у истом, сличном или комплементарном сектору.

Основне активности група обухватају три категорије: услуге повезивања, обезбјеђивање повратних информација од малих и средњих предузећа за потребе политика и друге активности.

Секторске групе подржавају кључне активности Мреже пружајући три основне услуге:

  • Подршка остваривању пословне сарадње,
  • Подршка иновацијама, примарно кроз транснационални трансфер технологија и искориштавање резултата истраживачког рада,
  • Подршка истраживачком раду, углавном кроз подршку и савјетовање предузећима заинтересованим за учешће у Horizont 2020 програмима и пројектима.

Осим тога, секторске групе по потреби:

  • Организују тематске радионице или интерне обуке за Мрежу,
  • Сарађују са кластерима у прекограничном контексту,
  • Сарађују са националним контакт – тачкама за ЕУ програме,
  • Сарађују са пружаоцима услуга корисницима SME инструмента,
  • Сарађују са трећим странама,
  • Креирају публикације (каталози профила компанија, студије, …).

Осим тога чланови секторских група такође пружају и друге услуге за које се укаже потреба или које траже корисници, нпр. да се уз услугу повезивања пружи и подршка корисницима у проналажењу финансијских средстава за њихов развој.

С обзиром на значајан потенцијал за интеракцију између секторских група које обухватају  различите, али компатибилне секторе, групе организују и заједничке активности попут пословних сусрета који окупљају на једном мјесту актере из различитих сектора.